A troca parcial de água em um aquário é o procedimento mais importante que o aquarista deve realizar, com ela eliminamos os agentes nocivos como Amônia, Nitritos, Nitratos, Silicatos, Fosfato. A renovação da água faz que novos nutrientes importantes entrem no aquário.
A quantidade e periodicidade da troca é discutível entre aquaristas experientes.  Sabe-se que quanto menor o aquário menor a estabilidade do sistema e maior a periodicidade da troca.  Em aquários de até 200 litros o aquarista deve trocar  15% de água quinzenalmente.
Em aquários maiores que 200 litros a estabilidade é MAIOR e podemos demorar mais para realizar a troca , porém com maior quantidade, mensalmente 30 a 35 %..
Tudo depende também da população do aquário,  que como regra básica deve ser de 1 cm de peixe para cada litros de água. Se o aquário é super populado as trocas devem ser feitas  freqüentes em poucas quantidades mas que resulte no período de um mês,  a quantidade de 30%.
Quando realizada a troca parcial o aquarista deve aproveitar e sinfonar o substrato,  pois aproveita-se para a limpeza de fundo. Caso o aquarista não consiga limpar todo o fundo com a quantidade de água pré estabelicida a ser trocada, não faz mal, na próxima troca ele começa a limpar o substrato do lugar de onde parou na ultima vez. A importância da troca parcial da água do aquário  é igualmente  a procedimentos de prevenção. O sifão usado para a limpeza de fundo consiste em uma mangueira transparente de silicone com um tubo de plástico acoplado.  Este tubo de plástico contem uma espécie de peneira onde fará que somente a água seja retirada e fazendo que as pedras de fundo sejam limpas pela circulação da água. Esta operação não turva a água.  A água nova devera ser condicionada com anti-cloro, e reguladores de Ph pois este deve estar com valor mais perto possível  da água do aquário.  O aquarista pode condicionar a água do aquário também com as trocas parciais alterando o seu Ph levemente, mas é uma operação para aquaristas mais experientes, pois alterações drásticas de Ph pode provocar reações aos peixes.